Eso es un poco extraño... la clase paginado no debería dar problemas con la cláusula WHERE (a mí no me los ha dado y no había escuchado antes que los dé).
Te sugiero postear aquí el código que estás utilizando porque lo más probable es que estés cometiendo algún error que no tenga que ver directamente con la Clase Paginado.
Saludos
