Si, .. con SQL ..
En Mysql (y toda BD que trabaje con lenguaje SQL) tienes funciones para tratamiento de cadenas .. así que puedes usarlas para aplicar tu WHERE bajo la condición que necesites ...
por ejemplo:
SELECT * FROM tabla WHERE SUBSTRING(caract,4,1) = 1
más info:
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/String_functions.html
Un saludo,