Eso no es problema coloca el Script entre las etiquetas de BODY si no puedes modificar el HEAD
<html><head>
</head>
<body>
<script language="JavaScript">
function ventana() {
window.open("ejemplo.html", "_blank", "toolbar=no,menubar=no,directories=no,status=no,re s izable=no,location=no,scrollbars=no")
}
</script>
<a href="javascript
:ventana()">Abrir ventana</a>
</body></html>
Espero haberte ayudado