Aqui te pongo el código que he usado para comprovar que funcionara correctamente:
Código PHP:
<?php
// EJEMPLO 1
$datos['fecha_ahora']='01-01-1970';
$datos['Fecha']='02-01-1970';
$fecha1 = $datos['fecha_ahora'];
$fecha2 = $datos['Fecha'];
$f1 = explode('-',$fecha1);
$dia1 = $f1[0];
$mes1 = $f1[1];
$ano1 = $f1[2];
$f2 = explode('-',$fecha2);
$dia2 = $f2[0];
$mes2 = $f2[1];
$ano2 = $f2[2];
$time1 = mktime (0,0,0,$mes1,$dia1,$ano1);
$time2 = mktime (0,0,0,$mes2,$dia2,$ano2);
echo 'Fecha1='.$fecha1.' Fecha2='.$fecha2.'<br>';
if ($time1 > $time2) echo 'Fecha1 es mayor que fecha2';
elseif ($time1 < $time2 ) echo 'Fecha2 es mayor que fecha1';
else echo 'Las dos fechas son iguales';
// EJEMPLO REDUCIDO
$fecha1 = $datos['fecha_ahora']='01-01-95';
$fecha2 = $datos['Fecha']='01-01-80';
$time1 = strtotime($datos['fecha_ahora']);
$time2 = strtotime($datos['Fecha']);
echo '<br>Fecha1='.$fecha1.' Fecha2='.$fecha2.'<br>';
if ($time1 > $time2) echo 'Fecha1 es mayor que fecha2';
elseif ($time1 < $time2 ) echo 'Fecha2 es mayor que fecha1';
else echo 'Las dos fechas son iguales';
?>