Prueba esto:
Código PHP:
print "<td><input type=\"hidden\" name=\"". $valor[$y]."\" value=\"". $row['id_cli']."\"> <input type=\"checkbox\" name=\"".$vector[$y]."\"></td><tr>";
Es que al incluir matrices en cadenas de texto sin cerrarlas creo que da problemas. O sea cada vez que incluyes una array cierras y luego vuelves a abrir, si no tendrás problemas :S (creo que es por eso)
Salu2 ;)