No importa que tengas datos repetidos, y cosas que te sobren, sería mejor que no estuvieran, es obvio, lo que debes hacer, es, analizar las peticiones que haces a las tablas, y generar los índices que requieras, eso no va a afectar a los datos, no se modificaran ni nada de eso, crea índices con duplicados en vez de únicos, y comprueba la diferencia de rendimiento
Saludos
