sobre lo de la primera solución entiendo que das a entender que el instalador no ve la partición en FAT32. Creo recordar que cuando vas a instalar windows 98 te pregunta en que directorio quieres instalarlo, que el por defecto pone c:\windows. Sería quizás cosa de que antes de comenzar el proceso de instalación, una vez que estás en modo ms-dos entres en fdisk y mires que letra le tiene asignada a la partición FAT32 y puebes entonces en la instalación a decirle que lo instale en laparticiónFAT32:\windows y si sigue sin verla bien prueba a borrar esa partición también usando fdisk y volverla a crear con el espacio libre que esta dejará.
El segundo camino quizás podría ser que el disco duro no está intacto, podrías probar a hacerle un scandisk a fondo en un pc moderno que te tardará muy poco. Además quizás tengas que revisar la bios, porque para instalarlo accedes al HD usando el arranque del CD, y el fallo te lo da cuando intentas arrancar desde el HD. Por si acaso entra en la BIOS, dale a que autodetecte los discos y asegurate de como está la configuración de arranque
