En ese caso en vez de cerrar automaticamente pon un
Código PHP:
<a href="javascript::window.close()">Cerrar</a>
y el popup te mostrara que finalizo los procesos y tu podras cerrar la ventana manualmente.
o bien pon un textfield en la ventana principal que diga "Procesando..." cuando comience a realizar el proceso el popup, una vez que el popup se cierre haces un
Código PHP:
<script language="javascript">
window.opener.form.textfield.value = 'Proceso Finalizado correctamente';
window.close();
</script>
esto en el codigo del popup.
Tal vez te sirvan mis propuestas, me quedaria con la ultima eso si.