Yo creo que te faltan los cierres de frames... el código debería tener esta forma:
Código PHP:
<html>
<head>
<meta HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<title>Pagina nueva 1</title>
</head>
<frameset rows="64,*">
<frame name="encabezado" scrolling="no" noresize target="principal" src="PagENCABEZADO.htm">
<frame name="principal" src="Pag1.htm">
<noframes>
<body>
<p>Esta página utiliza marcos, pero su explorador no las admite.</p>
</body>
</noframes>
</frameset>
</html>
No sé, a mi me funciona así, no debería cerrarse el explorador con este código... Suerte!!!