Hola, supongo que quieres permitir el acceso a un directorio a un determinado tipo usuarios y que ese tipo de usuarios sea diferente en cada directorio no?! Si es eso prueba esto:
Código:
<location path="/admin/">
<system.web>
<authorization>
<allow roles="..................." />
<deny users="............." />
</authorization>
</system.web>
</location>
<location path="/empresas/">
<system.web>
<authorization>
<allow roles="..................." />
<deny users="............." />
</authorization>
</system.web>
</location>
......
......
<authentication mode="Forms">
<forms name = ".ASPXFORMSAUTH" loginUrl="~/admin/login.aspx" protection="All" timeout="30" />
</authentication>
Bueno, espero que te sirva de algo.
Un saludo.