Pues si el audio fuera AC3 esos pasos varían un poco. Tendrías que seguir los pasos de esta pagina en el caso de audio AC3:
http://www.mundodivx.com/aviavcd/previavcd.php
Cuando los hagas tendrás el MKV por un lado y un WAV por otro. Entonces lo que haces con el virtualdubmod es lo siguiente:
- Abrir el MKV
- En el menú video seleccionar direct stream copy
- En el menú Streams -> Stream list, doble click en cada pista de audio o subtitulos que veas, para deshabilitar todo.
- Con el botón ADD añades el WAV, y das a OK.
- En el menú File -> Save as... lo guardas como AVI.
Así tendrías un AVI con audio WAV listo para pasar por el otro manual
http://www.mundodivx.com/subtitulos/ffdshow.php
En cuanto al programa que has usado dices que tienes un AVI por un lado, un AC3 por otro, y un SSA (supongo que es SSA y no ASS) por otro. Si es así comprueba lo primero si el AVI tiene sonido o no. Si no lo tiene, lo único que tienes que hacer es pasar el AC3 a WAV conforme viene en un manual que te di más arriba y luego seguir los mismos pasos con el AVI:
- Abrir el AVI
- En el menú video seleccionar direct stream copy
- En el menú Streams -> Stream list con el botón ADD añades el WAV, y das a OK.
- En el menú File -> Save as... lo guardas como AVI, con otro nombre para no sobreescribir.
Luego con el otro manual
http://www.mundodivx.com/subtitulos/ffdshow.php haces la conversión a MPG, sabiendo que el archivo SSA son los subtitulos
Espero que me hayas entendido entre tanta explicación