Mira en MySQL(creo estas usando este Manejador), tiene una base de datos llamada mysql, la cual contiene la siguiente de tablas:
columns_priv
db
func
host
tables_priv
user
No recuerdo muy bien, pero para otorgar esos privilegios, creo que se crean entradas ya sea en columns_priv, o en tables_priv.
Podrias checar la documentacion de mysql:
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/Privileges.html