Existen muchas formas,
primero, puedes instalarlo en linux o windows (etc..)
en cualquiera de los dos existen aplicaciones que se comunican con tu manejador de base de datos graficamente y esto te facilita mucho las cosas, en linux puedes manipular MYSQL en forma de texto (bien chido) y de los programas graficos que me acuerdo son
Cita: LINUX
webmin, control center
MUGRESOFT
phpmyadmin, easyphp
existen mas pero esto es de momento de lo que me acuerdo