Con las funciones:
exec() .. o system() y afines ..
www.php.net/exec
Con ese grupo de funciones puedes lanzar comandos a la "shell" y ejecutarlos (según permisos que tenga PHP como usuario que es al "salir al S.O." en ese servidor)
Igualmente puedes obtener la respuesta que entregue (si la requieres) (tal cual lo verías en consola).
Un saludo,