lo que quieres hacer es una simple inclusión de código. Checa las funciones:
include_once();
require();
etc... en la documentacion de PHP para que veas sus diferencias.
Tu index.php podria ser:
Código PHP:
include_once('banner_superior.php');
//aqui va tu contenido de la pagina, ya sea HTML puro, o generado con PHP
include_once('pie_pagina..php');
donde banner_superior.php es el encabezado de la web, y pie_pagina pues obvio la parte inferior.
un saludo