Bueno .. para lo que propones puedes hacer dos cosas:
1) "Ofuscar el código" . .es decir, hacerlo más dificil su lectura e "ingenería inversa" .. Pero igualmente seguirá funcional 100 %. Este método no requiere de ninguna extensión extra en el servidor que corra tu aplicación.
POBS
http://pobs.mywalhalla.net/
2) Usa "codificadores" tipo Zend Encoder (del paquete Zend Studio). Requiere que tu "cliente" tenga instalada dicha extensión. (no es el único ... hay más)
www.zend.com
Un saludo,