No sé, prueba con algo tipo....
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if(location.search.indexOf('index.php') > -1){
window.open('http://elnombredelaweb','Preg','toolbar=no,location=no,di rectories=no,status=no, menubar=no,scrollbars=no,resizable=yes,width=400,h eight=400,screenX=100,screenY=100')
}
</script>
Cambia ese php por la extensión que tenga tu index
