Como utilizar mejor los Iframes?

[CreaTuSitio.com]

No comprendo del todo esto ultimo pero os explico lo siguiente, quizas ayude a responder tus dudas:

1. Cuando haces click en una opcion del IFRAME, toda la pagina se recarga, incluyendo el IFRAME. No es como con los frames comunes, donde solo el frame al que apunta el link se recarga.
Ergo, el link al que diste click no queda activo ya que toda la pagina se recarga. Quizas eso es lo que no has notado.

2. Cuando das click a un link cualquiera, este queda en el historial del navegador y mientras esta alli se lo toma como visited. Es decir que el color que tomara es el que asignes en A.Visited
En el codigo que has puesto, los colores de A.Visited y de A.Active son distintos. A esto se puede deber el problema que estais viendo.