Te recomiendo leer la documentación oficial sobre Upload HTTP vía PHP:
http://www.php.net/manual/en/features.file-upload.php
Las "múltiples" direcciones dadas han de ser introducidas "a mano" por un campo FILE de tu formualrio HTML común donde se va a seleccionar uno por uno el archivo (desde su ruta local en el PC del usuario) a subir.
Un saludo,