Gestores de archivos que no sean el explorer hay todos los que quieras.
Sin salir de windows, tienes progman.exe (que trerá buenos recuerdos a los usuarios de windows 3.1 (está en \windows\system32).
Y como alternativa, es muy recomendable TotalCommander, lo tienes en
http://www.ghisler.com/download.htm (shareware teóricamente, pero como si fuera freeware, vale ad infinitum).
Aunque de todas formas no me acaba de convencer eso de que no puedas cortar y pegar, me temo que el problema sea otro.