Lo mejor de utilizar librarías de javascript es que queda la página html mucho más limpia al no contener apenas código javascript y es una forma de reutilizar código y no irlo pegando de página en página.
el formato es muy sencillo. Tendrías meter el código que sueles meter entre <script></script> pero sin poner lo de <script> ej:
Código HTML:
var isExplorer=document.all;
function sacarMensaje(){
...
...
...
}
function mostrarDatos(){
...
...
...
}