Entonces con el tmpgenc. En el menú File -> MPEG Tools -> Demultiplex cargas tu MPG, y haciendo doble click encima de la pista de video y luego encima de la de audio, los guardas en archivo aparte (el video como m1v o m2v y el audio como mp2). Luego haces lo mismo con el del inglés, de tal forma que al final tendrás el video y dos audios.
Entonces vas a la pestaña multiplex, añades el video y el audio español, eliges el type adecuado y le das a Run para que lo haga. Si no sabes qué type elegir, copiame aqui los datos que te salen en el Demultiplex y te digo cual debes usar.
Por supuesto el nuevo audio deberá estar en formato MP2, con similares caracteristicas a la del audio inglés.
Saludos