Yo de ti haría lo siguiente:
Crearía un disco de inicio de Win98, bajate este programa (AEFDISK)
DE ACA Lo agregas al disco de incio, colocas la pc con el primer Boot de la disketera, la inicias con ese disco que creaste, luego ejecutas:
a:\>aefdisk
a:\>aefdisk/delall con esto borraras todas las particiones que tenga el HD sin iportar el tipo; luego:
a:\>aefdisk/show, para ver el estado de las particiones.
por ultimo ejecutas:
a:\>FDISK para que hagas las particiones nuevamente, formateas e instalas todo de nuevo.
Si tu disco esta "malo" en uno de estos dos procesos te lo mostrará (estoy segura).
Nos estas contando para ver en que más te podemos ayudar