Personalmente he trabajado muy poco con MySQL pero no me parece malo, en mi trabajo todo lo hacemos con MSSQL y no hemos tenido problemas.. ya que para el desarrollo nos es muy útil los Store Procedures, Functions, Jobs, Triggers...etc... pero no se si en mySQL en las actuales versiones cuenten con esas características.
Creo que ya depende de cuanto deseas invertir y el tipo de desarrollo que deseas hacer.
Salu2