Para eso ya tendrás que aplicar algo de
"recursividad" .. (convertir tu código en una función y hacer que se llame a si misma pero pasandole como parámetro la ruta del primer directorio que encontró y cuando llege al final de la rama .. seguir con el siguiente directorio del raiz y así sucesivamente ..)
El manual oficial de PHP (en los comentarios de los usuarios) verás un buen montón de ejemplos para leer directorios/subdirectorios y todo lo que encuentren en ellos ...
http://www.php.net/dir http://www.php.net/manual/en/function.readdir.php
Un saludo,