Es totalmente posible actualizar de Red Hat 9 a Fedora 2. De hecho, yo lo hice hace poco en un PC, y la actualización fue totalmente automatizada, sin problemas.
De todas maneras, es bueno tener la información importante respaldada antes de actualizar, ya que nunca se sabe si ese día va a haber un corte en el suministro eléctrico o va a caer un rayo sobre tu PC