phpMyadmin puede autentificar usuarios por vários médios. Puedes ver como configurar ese tema en esta guía:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpmysqlap/#4
Por lo demás tendrías que ver el tema de gestión de usuarios de Mysql (en el foro de Base de datos te podría orientar) como para otogar los permisos de ususario (para Mysql) que requiera cada uno .. por ejemplo para que sólo vea sus Base de datos asignadas o sólo pueda efectuar operaciones tipo "SELECT, INSERT, DELETE, UPDATE y poco más".
Un saludo,