Disco serial ATA

[marman]

Hola de nuevo.

Nadie ha dicho que el SO sea el problema.
Respecto a lo de maestro-esclavo, efectivamente, cómo ha dicho nuestro amigo EriolHiragi, los discos S-ATA no pueden ser esclavos (en el sentido técnico de la palabra), ya que sólo se conecta 1 a cada controladora. Pero sí tienes razón en que el SO (Windows concretamente) detecta cómo objetivo prioritario para instalarse la controladora IDE, así que, en sentido figurado, funciona cómo esclavo, si se puede decir así.
Tu placa base no dispone de una opción explícita (cómo sí tienen las gigabyte) de especificar que el S-ATA és el disco duro de arranque prioritario. Supongo que tendrías que configurar el controlador S-ATA (seguro que puedes entrar en su BIOS, después de pasar todos los mensajes de la placa base) y después es posible que te lo detectara como HD SCSI (es cómo suelen hacerlo).
Me ayudaría a ayudarte saber que SO es, cómo hiciste la instalación y cómo tenías configuradas las BIOS cuándo instalaste sólamente el HD S-ATA.
Otra opción es consultarlo directament a ASUS, seguro que tienen especialistas mejor preparados y van directamente al grano sin más explicaciones.

Un saludo.