Hola, primero de todo decir que el S-ATA no es ni esclavo ni maestro, segundo, el problema no es el sistema operativo, posiblemente para instalar el sistema operativo en el S-ATA tubiste que utilizar el cd de windows XP + el disquete de los drivers del S-ATA... Pues yo creo claramente que es en el arranque del sistema, el boot te tiene que detectar el S-ATA (almenos a mi, que tengo placa gigabyte si lo detecta como boot). De cuando es actualizada la placa??? Un saludo!!