yo no me quedo con ninguno.
Los dos tienen sus pegas y su cosas buenas.
Xoops:
- Google indexa xoops, sus url son tipo:
http://www.url.com/xoops/modulos/news/
- Panel de controil bastante engorroso.
- Diseño de themes tambien bastante engorroso.
PHPNuke:
- Google NO indexa php-nuke, sus url son tipo:
http://www.url.com/modules.php?module=news&file=index
- Panel de control facil de utilizar.
- Diseño de themes engorroso (aunque ya hay muchos hechos, cosa que el xoops no tiene).
Y por ultimo, te recomiendo phpnuke, ¿porque? xoops parece abandonado, hace meses que no he visto una version nueva.
Pero, estudia la posibilidad de postnuke, esta basado el php-nuke y es una buena alternativa.
Tambien tienes drupal y otros, pero que no he probado.
Saludos, y suerte con tu eleccion.