pero .. a ver.
<a href="index.php?seccion=herramientas.php"></a>
tu seccion (variable) tiene de valor "herramientas.php" y no "modulo" que es lo que comparas en tu if() ...
Para que funcione tu if() y te incluya herramientas.php .. deberías hacer:
<a href="index.php?seccion=modulo"></a>
Un saludo,