Cita: si tuviese diferentes secciones, lo ideal seria crear una carpeta de imagenes para cada una de ellas???
Eso va a depender de como organizes tus archivos y como los vas a pretender leer por sus categorías. Si te vas a basar en la estructura de directorios físca donde van a caer tus archivos y que tu definiaras en nombre del directorio como nombre de tu "categoria" ..podrías hacer eso. Pero, también podrías organizarlo desde una BD (útil sobre todo cuando pretendas empezar a necesitar de estadísticas de accesos y demás).
Cita: y si es asi tendre que crear un archivo php para cada seccion que guarde en su carpeta correspondiente?? o existe la posibilidad de elegir el directorio para subir esa imagen??
Hombre .. para eso tienes las "variables" ..
Si tu te haces un formulario que pida el archivo y se seleccione el directorio (= nombre sección) donde vas a colocar tu archivo .. no necesitas mas que -un sólo- scritp PHP que lo procese.
Sobre el tema de subir el archivo te recomiendo que leas la documentación oficial de PHP al respecto y uses los arrays superglobales $_FILES además de NO usar copy() para mover el archivo desde donde PHP lo deja "temporalmente" hacia su destino definitivo .. sino que uses move_uploaded_file().
Un saludo,