phpMyAdmin es una aplicación desarrollada en PHP. Si queres guardar los datos numéricos con comas, debes hacerlo por medio de una aplicación desarrollada en PHP, java, ASP, etc. Aunque la verdad, no le encuentro sentido ya que lo que le interesa al usuario final son los resultados. Para tu caso lo que podrías hacer es mostrar la información FORMATEADA o con MASCARA cuando hagas un select.
Creas un campo numérico donde va a estar tu información y al momento de realizar el SELECT, lo formateas.
Por ejemplo: Tengo una tabla de saldos, donde uno de sus campos se llama monto y es tipo numerico (INT, DOUBLE, etc). Al realizar el SELECT formateando esa columna, lo harías de esta forma:}
Código PHP:
SELECT FORMAT(monto, 2) FROM saldos;
Para más información, podes leer esta sección
13.8.4 Miscellaneous Functions del manual de MySQL.