Parece que si quieres instalar PHP como módulo de Apache y todo bajo windows .. la ruta del php.ini a usar se define en la compilación del "php.exe" y demás librerías de PHP para windows. Pero según comenta el própio manual se podría cambiar la ruta del php.ini si lo instalas como CGI o CLI (con sus restricciones frente a la versión de instalación como módulo).
La otra opción es que uses Linux XDDDDD que si que permite múltiples instalaciones e indicar el php.ini donde gustes para cada instalación.
Cita: The default location of php.ini is a compile time option (see the FAQ entry), but can be changed for the CGI and CLI version with the -c command line switch, see the chapter about using PHP from the command line. You can also use the environment variable PHPRC for an additional path to search for a php.ini file.
http://www.php.net/manual/en/configuration.php
Un saludo,