Bueno, lo más probable es que ya tengas respuesta a tu pregunta pero estos días me encontré con este post y ya tengo la respuesta, la dejo para que quede como acervo, esta respuesta es para flash o para html.
Se hace el pop up window con cualquier método que se tenga y en ese pop entre el <head></head> se pone este código, modificando un poco el código de caricatos:
Código:
<head>
<title>bla bla</title>
<script language="JavaScript">
ventana = this.window
ventana.focus();
</script>
</head>
Saludos y perdón por la tardanza, jajajaja.