Apache para Linux dispone de otra restricción más sobre archivos que puedes subir al servidor vía PHP .. Las directivas que son de PHP exclusivamente las ves en el PHP.ini y son las que has descrito.
Pero, .. Apache en su php.conf tiene otra directiva más "LimitRequestBody" que se configura según veras en este tema que se habló de eso:
http://www.forosdelweb.com/f18/problema-subir-archivo-215775/
Un saludo,