Se me ocurre que lo mas conveniente es que trabajes con una mascara. En una capa esta el logo y por encima de esta creas otra capa y la marcas como "Mascara". Digamos que tu animacion dura 20 frames. En el primer frame sobre la capa "Mascara" vas pintando sobre la zona que quieras que vaya apareciendo, luego en el segundo frame agregas algo mas y asi sucesivamente. La zona que este pintada en la mascara es la que dejara que se vea el logo. Las zonas de una mascara que se encuentren pintadas seran las que dejaran ver los objetos de las capas a las que afectan.
Pruebalo y me dices.
Saludos!