1- Si tienes un ordenador no muy rápido, es porque el AC3 es un sonido complejo, tiene 6 canales de audio y un bitrate alto, eso hace que se necesite más potencia de procesador para decodificarlo. Si tu tienes un ordenador de poca potencia, se nota cuándo tienes sonido AC3 porque necesitas mayor capacidad de proceso, cosa que tu ordenador no tiene, y por eso va a saltos. El sonido MP3 es más simple y no requiere tantos recursos, por eso lo oyes bien. Pero si tienes un ordenador más actual, quizá sea un problema del codec... si me das los datos de tu PC te podría ser más exacto.
2- Me temo que el AC3 Filter es una de las pocas alternativas. Hay una versión más actual que la 0.70b que tú tienes, prueba a ver si con ella te va mejor:
http://www.mundodivx.com/descargas.php?id=22 Si no, los filtros ffdshow creo que pueden decodificar el AC3, puedes probar a instalarlos, y luego en su configuración activar el codec de AC3 de audio, nunca lo he probado asi que no sé si funcionará. Es posible que haya otros decodificadores, pero como la última versión del AC3 Filter, ninguno
Suerte