No entendí bien donde están esos "tres" include() ni donde los necesitas llamar .. pero si los necesitas en tu "js" (ahora .php) .. tan sólo usalos ahí:
Código PHP:
<?
include("uno.php");
include("dos.php");
include("tres.php");
?>
Tu código Javascript actual ..
y donde lo requieras <? echo $variable_que_defines_en_algun_include ?>
FIjate en el código fuente que generas de llamar a "nose.php" (antes: nose.js) .. y date cuenta como PHP trabaja ahí dando el valor a las variables que corresponden y "componiendo" el código (en tu caso) javascript que ha de resultar . .tal cual como si tu lo hicieras "a mano" ..
Un saludo,