Problemas para hacer update a mas de un field

[xcorpion]

solo una duda, que es lo que se supone hace esto: stock=stock-'$Qty1'
acaso estas restando un string a stock?, el error que mencionas es de sintaxis
si puedes vas a hacer restas no encierres las variables entre comillas simples

intenta asi
if( $Qty1 ) mysql_query(" UPDATE qaninv SET qtys='$Qty1' ,stock=stock-$Qty1 WHERE itemid='$ItemQA031'");