También desde PHP puedes lanzar la ejecución del script concreto y con las variables que este necesite (incluidas las de la autentificación HTTP que requiere) para ejecutar el proceso de creación de sub-dominios que cPanel dispone.
Conociendo la ruta exacta de tu cPanel script que hace dicho proceso y conociendo las variables que este requiere .. podrías hacer desde un redireccionamiento tipo:
header ("Location: www.tal.tal/cpanel/nose/script.tal?creasubdominio=tal")
Cosa no muy segura (y más cuando tengas que usar los datos de usuario/contraseña) hasta usar conexión ´HTTP directa vía sockets o librerias cURL (
www.php.net/curl) que te ayudaran en esa taréa.
Un saludo,