Hola trivliani:
Date una vuelta por las FAQs de javascript, en concreto en la nº 100 hay extensa información sobre las ventanas, y si quieres abrir una página en una ventana recuerdo haber puesto esa info entre las últimas ...
En concreto sería:
<a href="destino.html" target="popup" onclick="window.open('', 'popup', 'width=300,height=500')" >enlace en ventana</a>
Si el contenido quieres ponerlo dinámicamente el tratamiento sería un poco distinto.
Saludos
