(especulación: No me he leido el manual oficial)
Parece ser que el "Master value" es la configuración de php.ini y el "local value" la configuración que es forzada por un .htaccess o algún ini_set() .. es decir .. la configuración "por defecto" de PHP y la que puedes forzar en tiempo de ejecución de un script ..
Haz la prueba:
Código PHP:
<?
ini_set("alguna_directiva_php","valor"); // valor diferente a lo que tenas en tu php.ini para observar el tema ...
phpinfo();
?>
Observa y compara (y de paso nos comentas que tal te fué).
Un saludo,