Hola,
la diferencia en profundidad no la se, pero si te puedo comentar que la instalacion como modulo es mucho mas recomendable, ya que ofrece mas seguridad y te permite hacer mas cosas. Te comento esto tal y como lo he leido en varias ocasiones, y todo el muno parece que coincide en lo mismo.
Para ver que instalacion tienes tienes que buscar en las primeras lineas del phpinfo, concretamente en la que pone
Server API
Si tienes la instalacion como modulo te pondra algo asi:
Server API Apache 2.0 Handler
Si tienes la instalacion como CGI, te aparecera CGI en la parte derecha.
un saludo
