Hola, te comento algunas cosas:
No tienes que dar de alta todas tus páginas, ni siquiera tienes porque dar de alta ni una sola página. Lo mejor que puedes hacer es conseguir enlaces y enseñar la ruta al resto de páginas a los buscadores con enlaces "<a href...". Esto no tiene porque afectar a tus eventos javascript, puedes hacer un mapa web, ponerlos como enlaces adicionales, etc.
No tiene porque afectarte al pagerank, ni tienes porque perder nada.
"la cantidad de links es importante ???" -> el texto de los enlaces es más importante que la cantiad de links. Si pones menos enlaces tienes menos oportunidades de aprovechar el texto de los enlaces.