niarudn, respondo a tus preguntas:
1. Cuando modificas los permisos del acceso directo del escritorio, eso no afecta los permisos de las particiones. Lo que estás haciendo es cambiar los permisos del acceso directo (el archivo .desktop).
2. De lo anterior se deduce que no es lo mismo
3. Todo eso se configura en el /etc/fstab
4. No tengo ni idea de qué puede ser ese data.
En el enlace que te di anteriormente se explica todo esto con bastantes detalles.