suponiendo que la ventana la estés abriendo desde un link, algo tipo....
<a href="#" onclick="window.open('pagina.htm','','')"> texto </a>
puedes añadirle detrás lo siguiente
<a href="#" onclick="window.open('pagina.htm','','')
;close()"> texto </a>
pero... si esa ventana no fué abierta desde javascript pedirá confirmación para ser cerrada (al menos en IExplorer)
Para ver trucos para
cerrar una ventana sin confirmación date una vuelta por las FAQ de este mismo foro (javascript) y busca las soluciones que ofrecen
