Yo tuve un problema similar. Estaba buscando entre los mensajes de mis usuarios y mi problema era que no siempre escribían bien, por lo que tenía que buscar palabras como '
escribían' con acento y sin él, por si acaso.
La solución pasó por hacer una barbaridad. Acabé cargando dos copias del texto a buscar: la original y una sin acentos. Mi proceso buscaba en la copia sin acentos, obtenía la posición de la palabra encontrada y ponía el <em> en el lugar indicado pero de la copia original.
Un poco lioso
, pero funcionaba bién...