¡Increíble!
No sé si se hayan dado estos casos antes, pero voy a responderme a mí mismo con la respuesta que me dieron en el Fórum de macromedia.general.latinamerica, ya que estas dudas las había expuesto allí también.
Copio la respuesta:
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Por defecto DMX no te permitirá utilizar el comportamiento en páginas
creadas con plantillas, sin embargo si lo aplicas primero a una página
normal y luego la conviertes a plantilla podrá funcionar con algunas
limitaciones. Checa la siguiente nota técnica de MM en donde hablan de este
tema:
http://www.macromedia.com/support/dreamweaver/ts/documents/popuptemplate.htm
Para el segundo problema, intenta poner el código en un archivo externo e
incluirlo en tu pagina
Suerte!
Cecilia Mtz
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Espero que estas respuestas puedan servirle a otros compañeros que hayan podido tener los mismos problemas.
Nos vemos y gracias de todos modos.
Kalimdor.