Hola
Respecto al script, basta con que utilices los caracteres de comentario correspondientes al html, es decir
<!-- y //-->
De esa forma tanto los validadores como los navegadores no tratan de interpretar el código como si fuera html.
Pero en el ejemplo que pones, si solo comentas el código del script, lo único que logras es un extraño mensaje del w3c diciendo que no valida la página por los siguentes motivos:
...
(ninguno)
!!!
Así que habría que seguir revisando el código.
Al seguir revisándolo, vemos que hay una inconsistencia en la DTD, primero dices que es html y luego llamas a la dtd de xhtml 1, lo cual, nota enseguida el validador, por lo tanto debería quedarte así:
Código:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
en vez de:
Código:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//WC3//DTD HTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
Cambiando eso, hasta validaría como xhtml 1.0 strict.
Suerte
Felicidad